Genmanipulation hat neben den gewünschten Eigenschaften immer begleitende, negative, unkontrollierbare Nebenwirkungen. Diese Nebenwirkungen werden von den Patentinhabern gerne unter den Teppich gekehrt.

Bei der Manipulation am Erbgut werden fundamentale Steuerprozesse des Lebens verändert. Der Ansatz, nach dem das Genom eine Art Legobaukasten ist, in das man nach Belieben neue Gene einfügen kann, weicht der Gewissheit, dass die DNA als hochkomplexes Netzwerk funktioniert. Das System wird aber noch lange nicht gut verstanden. Gentechnische Eingriffe an Pflanzen sind daher ein Lotteriespiel mit unvorhersehbarem Ausgang. Nach Übertragung der artfremden Gene treten überdies sehr oft Veränderungen des Fremdgens selber auf.